- Šalnaičiai
- Saločiai
- Saudogala
- Šedeikoniai
- Senkoniai
- Sereikoniai
- Šermukšniai
- Šikšneliškiai
- Šileikoniai
- Šimonėliai
- Šimoniai
- Šimoniškis
- Sindriūnai
- Sindriūniškis
- Šiukštoniai
- Skėriai
- Skieteliai
- Škilinpamūšis
- Skrebotiškis
- Skruzdėlynė
- Šlamai
- Smilgeliai
- Smilgeliai
- Smilgiai
- Smiltynė
- Šniūrai
- Sodeliai
- Sokai
- Stačiūnai
- Stačiūnai