- Staciūnai
- Stalilionine
- Stanioniai
- Staniūnai
- Staroliškis
- Startai
- Stebėkiai II
- Stebėkiai Naujieji
- Steponiškis
- Stetiškiai
- Stieprai
- Stipruoliai
- Stirninė
- Strolionys
- Stukalaukis
- Stultiškiai
- Stumbriai
- Stumbriškis
- Stuomeniškiai
- Sujetai
- Sukniškis
- Suodžiai
- Surviliškis
- Sutkūnai
- Švaininkai
- Švenčiuliškiai
- Šventupiai
- Saboniai
- Šaipiai
- Šakarniai