- Šalčininkėliai
- Salos
- Šaltiniai
- Samarakiškės
- Sangėliškės
- Sanginiškės
- Šarkaičiai
- Šarkučiai
- Šauliai
- Savaitiškės
- Sėlė
- Senadvaris
- Senieji Maceliai
- Senieji Miežionys
- Senosios Rakliškės
- Serbentai
- Šeštokai
- Šetylos
- Siaurimai
- Siliai
- Šilinė
- Širviai
- Šiudainys
- Šiūrkščiai
- Skaivonys
- Skerdimai
- Skrabonys
- Skraičionys
- Skubėtai
- Skvironys