- Sipoltong
- Sirata
- Sirencer
- Sirunde
- Sitalmak
- Sitinjopunguannauli
- Sitohang
- Soban Dua
- Soban Satu
- Songsong
- Sopo Butar
- Sorontonu
- Sosor
- Sosor Lottung
- Sosor Malau
- Sosor Si Kambing
- Sosorbalna
- Sosorbaru
- Sosorgarot
- Suartama
- Sukana
- Sukanasada
- Sukandebi
- Sukapurbatua
- Sumbari
- Sumbul Dua
- Sumbuljehe
- Sumbuljulu
- Sungai Raya
- Suruk Pandan