S
- (Kabupaten Gunungkidul) Surodadi
- (Kabupaten Gunungkidul) Sokoliman Satu
- (Kabupaten Bantul) Sribit
- (Kabupaten Sleman) Sorogedug Kidul
- (Kabupaten Kulon Progo) Sorobayan
- (Kabupaten Kulon Progo) Sogan
- (Kabupaten Gunungkidul) Siyono Kulon
- (Kabupaten Gunungkidul) Singkil
- (Kabupaten Kulon Progo) Sindutan
- (Kabupaten Gunungkidul) Sigerung
- (Kabupaten Kulon Progo) Sibolong
- (Kabupaten Sleman) Seyegan
- (Kabupaten Bantul) Serut
- (Kabupaten Gunungkidul) Serut
- (Kabupaten Kulon Progo) Sermo
- (Kabupaten Kulon Progo) Sentolo
- (Kabupaten Gunungkidul) Sengon
- (Kabupaten Gunungkidul) Semin
- (Kabupaten Kulon Progo) Semigaluh
- (Kabupaten Gunungkidul) Semanu
- (Kabupaten Gunungkidul) Selang
- (Kabupaten Kulon Progo) Sejatisetran
- (Kabupaten Bantul) Segoroyoso
- (Kabupaten Bantul) Sedayu
- (Kabupaten Gunungkidul) Sawahan Satu
- (Kabupaten Gunungkidul) Sawahan
- (Kabupaten Bantul) Sawahan
- (Kabupaten Kulon Progo) Sangon
- (Kabupaten Bantul) Sanden
- (Kabupaten Gunungkidul) Sambipitu